Através dos Ensinos Fundamental II e Médio, o projeto pedagógico da FDV está baseado em uma abordagem educacional progressista e inovadora, que busca proporcionar uma aprendizagem ativa, crítica e contextualizada dos conteúdos, levando sempre em consideração as necessidades individuais dos alunos e o contexto social em que estão inseridos. O projeto funda-se na formação integral dos alunos, estruturado em três pilares: o pensamento crítico, o protagonismo juvenil e o fortalecimento do pertencimento comunitário.